Teenage Mutant Ninja Turtles 3: The Manhattan Project ya da kısaca Ninja Turtles 3, aynı adlı animasyon dizisine dayanan Teenage Mutant Ninja Turtles oyun serisinin devamı niteliğindedir.
Oyunun konusu Kaplumbağalar tatildedir ve televizyonda haberleri izlemektedir. April O'Neill tarafından sunulan yayın aniden kesilir ve ekranda Manhattan adasının ele geçirildiğini ve uzaya taşınmak üzere havaya kaldırıldığını duyuran Schroeder belirir. April da kötü adam tarafından rehin tutulmaktadır. Kaplumbağalar dinlenmeyi bırakıp April'i ve adayı kurtarmak için yola çıkarlar. New York'tan geçip adaya ulaşmalı, ardından uzaydaki Technodrom'a sızmalı ve Schroeder ve Krang ile başa çıkmalıdırlar.
Teenage Mutant Ninja Turtles 3'ün oynanışı, bir co-op modu ve karakter seçimi ile önceki oyuna benzer. Teenage Mutant Ninja Turtles 2'de olduğu gibi, üçüncü bölümde kaplumbağaların her birinin kendine özgü silahı ve süper hareketi vardır. Oyunda her biri bir boss savaşı ile biten toplam sekiz seviye vardır. Shredder ve Krang'ın yanı sıra Beebele ve Rocksteady, Toku ve Razer ve Super Shredder'ı da boss olarak göreceksiniz.
Teenage Mutant Ninja Turtles 3: The Manhattan Project 1992 yılında En İyi NES Oyunu ödülünü kazandı, bu yüzden aksiyon hayranları ve Ninja Kaplumbağalar hayranları için kesinlikle bir göz atmaya değer.