Teenage Mutant Ninja Turtles 3: The Manhattan Project, o semplicemente Tartarughe Ninja 3, è il sequel della serie di giochi Teenage Mutant Ninja Turtles basata sull'omonima serie animata.
La trama del gioco Le tartarughe sono in vacanza e guardano il telegiornale in TV. Improvvisamente, la trasmissione, condotta da April O'Neill, viene interrotta e sullo schermo appare Schroeder, che annuncia che l'isola di Manhattan è stata sequestrata e sollevata in aria, per essere trasportata nello spazio. Anche April è tenuta in ostaggio dal cattivo. Le tartarughe rinunciano al loro riposo e partono per salvare April e l'isola. Devono attraversare New York, raggiungere l'isola, quindi infiltrarsi nel Technodrom nello spazio e affrontare Schroeder e Krang.
Il gameplay di Teenage Mutant Ninja Turtles 3 è simile a quello del gioco precedente, con una modalità cooperativa e la selezione dei personaggi. Come in Teenage Mutant Ninja Turtles 2, nel terzo capitolo ogni tartaruga ha un'arma e una super mossa unica. Il gioco presenta un totale di otto livelli, ognuno dei quali si conclude con una battaglia contro un boss. Oltre a Shredder e Krang, i boss sono Beebele e Rocksteady, Toku e Razer e Super Shredder.
Teenage Mutant Ninja Turtles 3: The Manhattan Project ha vinto il premio come miglior gioco per NES nel 1992, quindi merita sicuramente un'occhiata per i fan dell'azione e delle Tartarughe Ninja.