O Teenage Mutant Ninja Turtles 3: O Projecto Manhattan, ou simplesmente Ninja Turtles 3, é uma sequela da série de jogos Teenage Mutant Ninja Turtles baseada na série animada com o mesmo nome.
O enredo das tartarugas de caça está de férias e a ver as notícias na televisão. De repente, a emissão, que foi ancorada por Abril O'Neill, é interrompida e no ecrã aparece Schroeder, que anuncia que a ilha de Manhattan foi apreendida e içada para o ar, para posterior transporte para o espaço. Abril é também mantido refém pelo vilão. As tartarugas desistem do seu descanso e partem para salvar o mês de Abril e a ilha. Devem passar pela cidade de Nova Iorque, chegar à ilha, depois infiltrar-se na Technodrom no espaço e negociar com Schroeder e Krang.
A jogabilidade do Teenage Mutant Ninja Turtles 3 é semelhante à do jogo anterior, com um modo cooperativo e selecção de personagens. Como em Tartarugas Ninja Mutantes 2, na terceira parcela cada uma das tartarugas tem a sua própria arma única e super jogada. Há um total de oito níveis no jogo, cada um dos quais termina com uma batalha de chefes. Para além de Shredder e Krang, verá Beebele e Rocksteady, Toku e Razer e Super Shredder como os patrões.
Teenage Mutant Ninja Turtles 3: O Projecto Manhattan ganhou o prémio de Melhor Jogo NES em 1992, por isso vale definitivamente a pena procurar fãs de acção e fãs de Tartarugas Ninja.