Le jeu NES Ninja Gaiden 3 : The Ancient Ship of Doom, ou Ninja Gaiden 3, est un jeu d'action et de plateforme qui fait suite à la série, et plus particulièrement à la deuxième partie - Ninja Gaiden 2 : The Dark Sword of Chaos.
Dans l'intrigue du troisième volet, le protagoniste, Ryu Hayabusa, qui est accusé d'avoir tué Irene Liu, tente de trouver une trace de la cause de sa mort. Il découvre ainsi qu'un agent de la CIA a un plan pour créer des mutants en utilisant une faille interdimensionnelle. L'intrigue est assez alambiquée et comprend des références aux parties 1 et 2 du jeu.
Le gameplay de Ninja Gaiden 3 : The Ancient Ship of Doom est identique à celui des précédents volets et conserve leur style aguerri. Le personnage principal peut sauter, courir, grimper aux murs et utiliser des armes de mêlée et de jet. Différents bonus sont disséminés dans les niveaux, comme la régénération de la santé et l'amélioration des armes. Un nouvel objet dans Ninja Gaiden 3 est l'épée dragon, qui a une plus grande portée. À la fin de chaque niveau, il y aura un combat de boss.
Dans l'ensemble, Ninja Gaiden 3 : The Ancient Ship of Doom est une suite digne du deuxième volet et le dernier titre de la série, et mérite donc l'attention des fans du genre et de la série Ninja Gaiden.