El juego de NES Ninja Gaiden 3: The Ancient Ship of Doom, o Ninja Gaiden 3, es un juego de plataformas de acción y es la secuela de la serie, y más concretamente de la segunda parte - Ninja Gaiden 2: The Dark Sword of Chaos.
En la trama de la tercera entrega, el protagonista, Ryu Hayabusa, acusado de matar a Irene Liu, intenta encontrar cualquier rastro de la causa de su muerte. Como resultado, descubre que un agente de la CIA tiene un plan para crear mutantes, utilizando una grieta interdimensional. La trama es bastante enrevesada e incluye referencias a las partes uno y dos del juego.
La jugabilidad de Ninja Gaiden 3: The Ancient Ship of Doom es idéntica a la de las entregas anteriores y continúa su estilo avezado. El protagonista puede saltar, correr, trepar por las paredes y usar armas cuerpo a cuerpo y arrojadizas. Hay diferentes bonificaciones repartidas por los niveles, como regeneración de salud y mejoras para las armas. Un nuevo objeto en Ninja Gaiden 3 es la Espada del Dragón, que tiene mayor alcance. Al final de cada nivel habrá un combate contra un jefe.
En general, Ninja Gaiden 3: The Ancient Ship of Doom es una digna secuela de la segunda parte y el último título de la serie, por lo que merece la atención de los aficionados al género y de los seguidores de la serie Ninja Gaiden.