O jogo para NES Alien 3 ou "Alien 3", é um jogo de acção de plataforma desenvolvido no enredo de um fantástico filme de terror com o mesmo nome sobre extraterrestres que penetram e vivem no corpo humano.
No enredo do Alien 3 a heroína - Ellen Riley chega à prisão do planeta e juntamente com ela neste planeta há o Alien, que começa a multiplicar-se rapidamente e a infectar todos os prisioneiros. A tarefa do jogador é encontrar prisioneiros infectados e neutralizá-los antes da reencarnação num Alienígena. Cada nível deve ser procurado e neutralizado por todos os prisioneiros, e os jogadores são impedidos pelos Alienígenas que rondam o nível e interferem com o tempo de jogo limitado.
Em cada nível, para além de retirar o Infectado, o jogador tem de encontrar uma saída, o que é muitas vezes uma tarefa mais difícil do que procurar os prisioneiros. A cada dois níveis, o jogador enfrentará uma batalha de chefes, e no nível final dois de uma só vez.
A jogabilidade do Alien 3 segue todos os cânones de um jogo de plataforma de acção com quatro modos de armas: espingarda, lança-chamas, lança-granadas e granadas. No início do jogo o arsenal está cheio de munições, mas à medida que o passa seca e precisa de recolher balas, granadas e outro equipamento.