Le jeu pour NES Alien 3 ou "Alien 3", est un jeu de plateforme et d'action développé sur la base d'un film d'horreur fantastique du même nom sur des extraterrestres qui pénètrent et vivent dans le corps humain.
Dans le scénario d'Alien 3, l'héroïne - Ellen Riley - arrive sur la planète prison et avec elle sur cette planète il y a un Alien, qui commence à se multiplier rapidement et à infecter tous les prisonniers. La tâche du joueur est de trouver les prisonniers infectés et de les neutraliser avant qu'ils ne se réincarnent en Alien. Il faut chercher à chaque niveau et neutraliser tous les prisonniers, et les joueurs sont gênés par les Aliens qui rôdent dans les niveaux et interfèrent avec le temps de jeu limité.
Dans chaque niveau, en plus d'éliminer les infectés, le joueur doit trouver un moyen de sortir, ce qui est souvent plus difficile que de chercher les prisonniers. Tous les deux niveaux, le joueur devra affronter un boss, et dans le dernier niveau, deux en même temps.
Le gameplay d'Alien 3 suit tous les canons d'un platformer d'action-quête avec quatre modes d'armes : fusil, lance-flammes, lance-grenades et grenades. Au début du jeu, l'arsenal est plein de munitions, mais au fur et à mesure que vous avancez, il se tarit et vous devez collecter des balles, des grenades et d'autres équipements.