Il gioco per NES Alien 3 o "Alien 3", è un gioco d'azione a piattaforme sviluppato sulla trama dell'omonimo film fantastico e horror sugli alieni che penetrano e vivono nel corpo umano.
Nella trama di Alien 3 l'eroina - Ellen Riley - arriva sul pianeta prigione e con lei su questo pianeta c'è l'Alien, che inizia a moltiplicarsi rapidamente e a infettare tutti i prigionieri. Il compito del giocatore è trovare i prigionieri infetti e neutralizzarli prima che si reincarnino in un Alien. In ogni livello bisogna cercare e neutralizzare tutti i prigionieri, mentre i giocatori sono ostacolati dagli Alien che si aggirano per il livello e interferiscono con il tempo di gioco limitato.
In ogni livello, oltre a eliminare gli infetti, il giocatore deve trovare una via d'uscita, compito spesso più difficile della ricerca dei prigionieri. Ogni due livelli il giocatore dovrà affrontare una battaglia con un boss, e nel livello finale due contemporaneamente.
Il gameplay di Alien 3 segue tutti i canoni di un platform d'azione con quattro modalità di armi: fucile, lanciafiamme, lanciagranate e granate. All'inizio del gioco l'arsenale è pieno di munizioni, ma man mano che si procede si esaurisce e bisogna raccogliere proiettili, granate e altre attrezzature.